O Doctrine é uma ferramenta que gera classes (ou seja, é PHP Orientado á Objetos) de persistência para banco de dados.
É tipo o Hibernate do Java.
O legal destes tipos de ferramentas, é que você usa pouco SQL na hora de escrever seu código. Por exemplo, quero encontrar o usuário com o id igual a 1:
$user = $em->find('User', 1);
E quero atualizar o nome dele para Joaquim:
$user->setNome('Joaquim');
$em->persist($user);
$em->flush();
Simples, não?
Para mais informações, entre no site:
http://www.doctrine-project.org/
Ah... Ele usa o PDO do PHP para persistir em banco de dados:
http://php.net/manual/en/book.pdo.php
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